Le Ministère calcule annuellement deux indices de défavorisation pour les 69 commissions scolaires linguistiques. Pour les années scolaires 2003-2004 à 2007-2008, les données sur la situation des familles québécoises ayant des enfants âgés de 0 à 18 ans provenaient du Recensement du Canada de 2001; ces familles appartenaient à l'une ou l'autre des 1 504 unités de la Carte des unités de peuplement du Ministère. Depuis 2008-2009, ces données sur les familles québécoises avec enfants proviennent du Recensement du Canada de 2006.
En plus de disposer de données actualisées sur les familles, le Ministère possède une carte des unités de peuplement. Cette carte correspond au découpage géographique utilisé par le Ministère pour décrire les milieux socio-économiques d'où proviennent les élèves. Afin de disposer d'unités plus homogènes et plus représentatives du milieu socio-économique des élèves, cette carte a été raffinée en 2008 et, désormais, le Ministère s'appuie sur les données de 3 568 unités géographiques.
